据史料记载,她是在庵寺中自沉莲花池而死的,和吴三桂死的时间差不多。
但也有人考证,吴三桂死前,为保住吴家香火(因为要被株连九族),他让部将马宝护送圆圆和一个儿子吴启华到思州隐居,这个地方就在今天贵州省岑巩县马家寨(马家寨的名字也是为纪念马宝而由当地人改的)。
陈圆圆后来就终老于那里。为了不暴露身份,她的后人发明了简体的“聂”字,在墓碑上用这个字来代指圆圆。这是因为陈圆圆本姓邢,后跟养母姓陈,邢有右耳,陈有左耳,“双耳”代表邢和陈,而“双”字又隐指“圆圆”这个双名。在当地人(大多姓吴)的指引下,这个古墓现在已经发掘,并引起许多专家、学者和游客的兴趣。
而在金庸的小说《鹿鼎记》中,似乎陈圆圆最爱的还是“大顺天王”李自成;尽管对他的一些缺陷如粗野、凶蛮、不擅风情等也颇有几分叹息,但他们毕竟彼此都是真心相爱的,所以还为他生了个小美人坯子阿珂。为了再见一面老相好陈圆圆,李自成甚至敢冒风险,千里迢迢到了云南平西王府,两人抱头痛哭,爱恨交加,心绪激荡。后来阿珂则嫁给了康熙朝的“流氓功臣”韦小宝,并成为其7个皆美丽绝伦的老婆中最美丽的一个。